1.申报。
补偿贸易合同项下进出口货物，由货物收发货人或其代理人向海关如实申报，并交验以下单证：进出口货物报关单（淡绿色）；《登记手册》；有关商业、运输单据：发票、装箱单、提单、运单等；海关需要的其他单证。
2.监管。
对合同项下涉及国家应税管理的货物，进口时，海关按保税制度进行监管，凭合同及《登记手册》免税验放，出口时，按一般贸易规定办理。
3.相关规定
（1）除经批准在过渡宽限期内的补偿贸易项目外，自1996年4月1日起取消补偿贸易基础上进口加工设备免征关税和进口环节税的规定，上述贸易项目进口加工设备免征关税和各进口环节税的规定，上述贸易项目进口的设备按一般贸易规定办理手续。其进口设备一律照章征税。
（2）1996年4月1日前（不含当日），外经贸部门在其审批权限内依法批准的补偿贸易项目，且在1996年5月15日（含当日）前进口的，仍可按原优惠政策办理。对设备进口额在3000万美元（不包括1995年12月28日以后追加的投资）以上的，可通过对外贸易经经济合作部报国务院批准后，宽限期可延长到1997年12月31日。有关补偿贸易合同在补偿完毕后，对继续出口的产品以及用其出口收汇购进的设备等，海关按一般贸易进出口货物办理有关手续:
（3）由于对外提供修理和其他功务活动的情况比较复杂，与补偿贸易规定不尽相同，因此，以劳务费补偿进口价款，不能享受补偿贸易优惠。
（4）租赁公司受外商委托租赁设备进口从事补偿贸易并符合补偿贸易规定的，可享受补偿贸易优惠；如租赁公司自选租赁、租借设备进口，转租或转借给从事补偿贸易加工企业的则应照章纳税。
（5）补偿贸易出口的补偿产品，原则上应返销给提供技术设务的外商，但如有特殊情况，可将有补偿产品返销给双方指定的第三方代销人，进行三角补偿。实行三角补偿的合同，应由我的第三方代销人，进行三角补偿。实行三角补偿的合同，应由我方经营单位、提供技术设备的外商，以脑袋销补偿产品的第三方共同签字确认后，方可享受补偿贸易的优惠。
（6）补偿贸易引进技术设备，如属进口许可证或特定产品目录管理的商品，应向外线贸主管部门申领进口货物许可证或报国家机电进出口办公室审批。海关凭上述进口许可证或机电产品进口证明予以办理有关手续。
（7）补偿贸易项下进口技术设备，自进口之日起到补偿产品出口全部偿还设备价款为止，属海关监督货物。未经外经贸主管部门批准和报经主管海关核准许可，任何单位或个人均不得擅自出售、转让或提取移作他用。如因故确需变卖处理的，在征得上述有关部门批准许可后，应按一般贸易办理有关进口手续。