加工区与境外之间进、出的货物，由货主或其代理人根据加工区管理委员会的批件，填写进、出境货物备案清单，向主管海关备案。备案清单由海关总署统一制发。
海关对加工区与境外之间进、出的货物，按照直通式或转关运输的办法进行监管。
加工区与境外之间进、出的货物，除实行出口被动配额管理的外，不实行进出口配额、许可证件管理。
从境外进入加工区的货物，其进口关税和进口环节税，除法律、法规另有规定外，按照下列规定办理：
（一） 区内生产性的基础设施建设项目所需的机器、设备和建设生产厂房、仓储设施所需的基建物资，予以免税；
（二） 区内企业生产所需的机器、设备、模具及其维修用零配件，予以免税；
（三） 区内企业为加工出口产品所需的原材料、零部件、元器件、包装物料及消耗性材料，予以保税；
（四） 区内企业和行政管理机构自用合理数量的办公用品，予以免税；
（五） 区内企业和行政管理机构自用的交通运输工具、生活消费用品，按进口货物的有关规定办理报关手续，海关予以照章征税。
除法律、法规另有规定外，区内企业加工的制成品及其在加工生产过程中产生的边角料、余料、残次品、废品等销往境外的，免征出口关税。